日々の経理処理においては、採用している経理方式（税抜経理方式または税込経理方式）によって使用する勘定科目と仕訳処理が分かれます。
税抜経理を採用している場合、売上に伴う税額は「仮受消費税等」、仕入れや経費に伴う税額は「仮払消費税等」として処理します。決算時にはこれらを相殺し、納付予定額を「未払消費税等」へ振り替えます。この際、勘定科目の末尾に「等」が付いているのは、地方消費税を含んでいることを示しています。
また、課税売上割合が95％未満の事業者や、個別対応方式・一括比例配分方式を採用する事業者が直面するのが控除対象外消費税等の処理です。仕入税額控除が全額認められなかった税額については、資産に係るものは「長期前払消費税」として5年間で均等償却するか、または発生年度の「租税公課」などの費用として適切に損金算入処理を進める必要があります。
