年末調整で精算しきれなかった控除（医療費控除、初年度の住宅ローン控除、ふるさと納税のワンストップ特例申請漏れなど）がある場合、年明けに自身で「確定申告」を行うことで還付を受けることができます。
確定申告を行った場合、会社を通じた給与への上乗せ精算ではなく、指定した本人名義の銀行口座へ国税還付金として直接振り込みが行われます。ここで気になるのが確定申告還付金いつ振り込まれるのかという入金スケジュールです。
- e-Tax（電子申告）で申告した場合：申告書の送信受理後、およそ2週間〜3週間程度で指定口座へ入金されます（マイナンバーカード方式・還付処理状況のオンライン追跡が可能）。
- 書面（税務署窓口・郵送）で提出した場合：書類の照合作業に時間を要するため、提出からおよそ1ヶ月〜1ヶ月半程度の期間がかかります。
なお、確定申告書を作成する際には、会社から交付された源泉徴収票に記載されている「支払金額」「給与所得控除後の金額」「所得控除の額の合計額」「源泉徴収税額」をそのまま転記入力します。源泉徴収票を破棄・紛失してしまった場合は税務申告が進められなくなるため、手元に届いた原本（または電子交付のPDF）は大切に保管しておく必要があります。
