ネット上の掲示板やSNSでは「格闘タイプが付いたことで弱点が増えて使いづらくなった」という誤解が散見されます。しかし、この言説には戦術的な盲点が含まれています。
確かに、メガミュウツーXは格闘複合により「ひこう」「ゴースト」「フェアリー」が弱点となり、弱点数は通常の3つ（むし・ゴースト・あく）から4つへと増加します。しかしその代償として、本来エスパーの天敵であった「あくタイプ」の技が等倍へと緩和され、さらに相手の悪タイプに対して一致格闘技で弱点を突ける攻防逆転の構造が完成しています。
運用上の真のリスクは弱点数そのものではなく、「ハバタクカミやゼルネアスなどの超高速・高火力フェアリー特殊アタッカーとの対面」にあります。メガミュウツーXの特防は100と決して低くはありませんが、一致ムーンフォースクラスの攻撃を耐え切るのは困難です。この弱点をカバーするため、鋼タイプの相棒（ギルガルドやザシアンなど）で裏を固める交代ルートの確保が不可欠となります。
