参拝時に注意したいのが御朱印のいただき方です。上色見熊野座神社の境内は常時無人であり、社務所での直接の記帳や授与は行われていません。そのため、現地で探しても御朱印を受けることはできません。
御朱印を手に入れたい場合は、参拝後に高森町内の指定窓口へ立ち寄る必要があります。主に「高森観光推進機構（高森駅前）」や、近隣の物産館などで書き置き（紙の御朱印）が頒布されています。タイミングや季節によってはデザインの変更や限定印が用意されていることもあるため、参拝前に観光案内所の開館時間（一般的に9:00〜17:00前後）を確認しておくのがスムーズです。
