都心の一等地に位置する神田明神ですが、車での参拝には注意が必要です。境内裏手（文化交流館北側）に参拝者専用の無料駐車場が用意されていますが、収容台数は約20台と極めて小規模です。平日の午前中であっても、企業の昇殿祈祷車両や納入業者で満車になることが珍しくありません。
確実に駐車したい場合は、最初から周辺の大規模地下駐車場を視野に入れるのが鉄則です。最も利便性が高いのは、収容約800台を誇る「秋葉原UDXパーキング」（24時間営業）です。神田明神まで徒歩約5〜6分と近く、屋内自走式のため雨天でも快適に移動できます。周辺の一般的なコインパーキングは30分あたり400〜600円、休日最大料金の設定がない場所も多いため、事前に入出庫条件を確認しておく必要があります。
なお、公共交通機関としてはバスの活用も有効です。都営バス「茶51系統」（駒込駅南口〜御茶ノ水駅前〜秋葉原駅前）を利用すれば、「神田明神前」バス停で下車して目の前が境内というダイレクトアクセスが実現します。坂道の歩行を極限まで減らしたい方には非常に有効な選択肢です。
