スーパーで手軽に買える一般的なリンゴ酢と、本物のアップルサイダービネガーには決定的な違いが存在します。それは「加熱ろ過処理」を行っているかどうかです。一般的な透明度の高いリンゴ酢は、製造工程で加熱ろ過され、発酵由来の微生物や酵素が失われています。一方で、高品質なアップルサイダービネガーのボトル底部には、もやもやとした沈殿物が見られます。これこそが「マザー（Mother／酢酸菌酵母の複合体）」と呼ばれる生きた発酵母体です。
マザーには豊富なプロバイオティクス（善玉菌）、有用酵素、ポリフェノールが凝縮されており、これらが失われていない「無濾過（アンフィルタード）・非加熱（アンペーストライズド）」タイプを選ぶことが極めて重要です。日本国内でも絶大な支持を得ている定番ブランドといえば、「ブラグ（Bragg）オーガニック アップルサイダービネガー」。米国有機認定（USDA認証）を取得し、マザーをそのままボトリングした品質の高さから、初心者からプロのトレーナーまで指名買いが続いています。
