採卵から孵化までの成功率を9割以上に高めるプロのノウハウが、「付着糸（ふちゃくし）の除去」と「薬浴管理」の組み合わせです。
親メダカは卵同士を絡めたり水草に固定したりするために、卵の周囲に粘着性のある細い糸をまとわせています。この付着糸がついたまま卵がブドウの房のように固まっていると、1つの無精卵に生えたカビがあっという間に全体へ伝染してしまいます。産卵床から卵を採取したら、濡らした手のひらや目の細かい網の上で指の腹を使って優しく転がし、付着糸をちぎって1粒ずつバラバラに分離させます。
さらに有効なのが、魚病薬であるメチレンブルー水溶液を用いた消毒です。水が薄い青色（透明感が残るスカイブルー程度）になるよう数滴垂らした飼育水で卵を管理します。
メチレンブルーには強力な殺菌・防カビ効果があるだけでなく、優れた鑑別作用があります。生きている有精卵は薬液を弾くため青く染まりませんが、死卵や無精卵は内部まで真っ青に染色されます。青く染まった卵だけをスポイトで吸い出して捨てれば、飼育水内の衛生環境を常に完璧に保つことが可能です。
