消費者の期待が膨らむ一方で、製品の品質や表記をめぐる混乱も起きてきた。独立行政法人国民生活センターが過去に実施した「国民生活センター水素水表示テスト事業」では、市販されている水素水や生成装置の成分実態が詳細に調査された。
その調査結果はショッキングなものであった。一部の容器入り製品において、開封時点での溶存水素濃度が検出限界以下であったり、表示されていた数値を大きく下回るケースが相次いで発覚したのだ。水素は極めて分子が小さく、薄いプラスチック容器などからは容易に気化して抜けてしまう特性を持つ。単なる「高価な水」を飲まされていた事例が存在した事実は、業界全体の透明性を問う契機となった。