快適に館内を楽しむために把握しておきたいのが時期ごとの混雑傾向です。特に毎年4月中旬から6月上旬にかけて行われるふなばし三番瀬海浜公園の潮干狩り開催日は、学習館周辺の混雑が年間で最もピークに達します。
通常の週末であれば、館内が身動きできないほどの混雑になることは稀です。ただし、潮干狩りの開催時間前後は周辺道路が大渋滞し、有料駐車場も満車状態が続きます。ふなばし三番瀬環境学習館の混雑状況を回避するなら、潮干狩りの日程と重ならない週末を選ぶか、潮干狩り客が引き始める14時以降を狙うのが効果的です。
館内をじっくり見学した場合の所要時間は約1時間半から2時間が目安となります。隣接する干潟の散策や浜辺での貝殻拾い、屋外遊具での遊びを組み合わせるなら、半日（3〜4時間程度）のスケジュールを組んでおくと無理なく満喫できます。
