店内はコンパクトなビルイン型でありながら、圧縮陳列を活かした密度の高い空間設計がなされています。ドンキホーテ藤沢駅南口店のフロアマップを把握しておくと、目当てのアイテムへ迷わずたどり着けます。
地下フロアや低層階には、日常使いに欠かせない生鮮食品・加工食品・飲料・酒類・お菓子がずらりと並び、スーパー感覚でのまとめ買い需要に応えています。上層階へ進むと、最新の韓国コスメやスキンケア用品、ヘアケア、日用消耗品、バラエティ雑貨、スマートフォン周辺機器、衣料品などがぎっしり凝縮。さらに、湘南・鎌倉エリアを訪れる外国人旅行者の増加に伴い、ドン・キホーテ藤沢駅南口店の免税（Tax-Free）カウンターやインバウンド向け定番菓子・医薬品コーナーも強化されています。
