歯並びと並んで議論が紛糾するのが「目」と「鼻」の整形疑惑です。特に目元に関しては、現役時代の鋭い一重まぶたから、現在はくっきりとした二重のラインが見受けられる瞬間があるため、切開手術を疑う声が後を絶ちませんでした。
しかし、この噂に対してキム・ヨナ本人が異例の行動に出たことがあります。2021年12月、自身の公式Instagramにすっぴんに近い至近距離の写真を2枚投稿し、「쌍꺼풀 수술 안 했어요（二重まぶたの手術はしていません）」と明快に疑惑を否定しました。公開された写真では、角度や視線の向け方によって、まぶたの溝が三重になったり、元の薄いラインに戻ったりするリアルな状態が捉えられていました。
現役時代は競技用のリンク照明や激しい演技に耐えるため、強力なリキッドアイライナーとつけまつげで目を物理的に大きく見せる「舞台用メイク」を施していました。対してプライベートや現在の広告で見せるメイクは、極限まで素肌感を活かしたミュートトーンの陰影グラデーションです。加えて、10代の頃のまぶたの皮下脂肪が加齢とともに適度に落ちたこと、長年のアイプチ使用による皮膚の折り込み癖が重なり、自然な奥二重ラインが形成されたと見るのが皮膚生理学的にも妥当な見解です。
また、鼻の整形疑惑についても、彼女のすっぴん画像や横顔の接写を時系列で精査すると、鼻根部（目頭の間）から鼻先にかけての骨格のカーブはジュニア時代から一切変わっていません。現代の超高精度なシェーディング技術と、光を集めるハイライトの配置によって、小鼻の引き締まり感が強調されているに過ぎないことが分かります。
