都道府県の面積を読み解く上で、専門家が必ず注視するのが北方領土（択捉島、国後島、色丹島、歯舞群島）の算入基準です。国土地理院が公表する公式の「北海道」の面積（約83,424㎢）には、日本の主権下にある北方四島（約5,028㎢）が根室振興局の管轄として完全に含まれています。
仮に北方四島の面積を除外して計算した場合、北海道の実質的な本土・付属島嶼面積は約78,396平方キロメートルとなります。ただし、この除外数値を適用したとしても、第2位の岩手県（約15,275㎢）の5倍以上のスケールを有しており、国内最大の自治体としての不動の地位が揺らぐことはありません。
また、日本国内には現在でも市区町村間や県境において「境界未定地域」が複数存在します。富士山頂の静岡・山梨県境や、一部の港湾埋立地などが代表例です。国土地理院ではこれらの境界未確定エリアについて、関係自治体の合意が得られるまで「参考値」や「全体合計値」として計上し、合意成立と同時に公式データを改変する厳密な運用を維持しています。
