百合高校卒業生の進路先は、大学進学が約7割強、専門学校進学が約15%、残りが短大や就職という内訳になっています。進学先の中核を占めるのは、日本大学・東洋大学・駒澤大学・専修大学（日東駒専）や、神奈川大学・東海大学・東京都市大学といった首都圏の中堅・上位私立大学です。
一般選抜で果敢に挑む生徒がいる一方、同校の大きな強みとなっているのが豊富な指定校推薦枠です。神奈川大学をはじめ、東洋大学、専修大学、日本大学、東京電機大学、成蹊大学など、多彩な私立大学の推薦枠が確保されており、高校3年間の評定平均（内申）を4.0前後に維持できれば、有利に年内入試を突破できる環境が整っています。
近年ではGMARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政・学習院）への合格者も毎年のように輩出しており、高校1年次から計画的な学習を継続した生徒が上位大学の合格枠を勝ち取っています。指定校枠を狙うのか、一般受験で上を目指すのかを入学直後から見据えておくことが、3年後の進路実績を最大化させる分岐点です。
