Q1：ボスの「烏丸蓮耶」は現在も生きているのですか？
A1：作中の設定上、半世紀前に99歳で死亡したとされていますが、組織が現在も「あの方」のメールや指示で動いている点、APTX4869の研究目的が不老不死や若返りである点から、何らかの形で生存している、あるいは幼児化・延命治療を受けて潜伏している可能性が極めて濃厚です。
Q2：ラム（脇田兼則）はコナンや安室の正体に気づいていますか？
A2：脇田兼則は毛利小五郎の知恵袋がコナンであることに強い関心と疑念を抱いており、工藤新一の情報を探るようバーボン（安室透）に命じています。安室に対しては完全に信頼を置いておらず、互いに腹を探り合う極限の心理戦が繰り広げられています。
Q3：なぜ黒の組織はこれほどNOC（スパイ）が多いのですか？
A3：世界規模で暗躍する巨大犯罪組織であるため、各国の最高峰の諜報機関（FBI・CIA・日本の公安警察など）が総力を挙げて潜入工作を行っているためです。ジンが「組織内にはネズミ（スパイ）が紛れ込んでいる」と常に警戒を強めているのも、実際に幹部層まで潜入を許している組織の構造的欠陥を表しています。
