料理の現場において、アサリやハマグリといった大型の二枚貝は「沸騰した湯」に投入して素早く火を通すのが定石とされる場面もありますが、しじみに関しては「必ず水から煮る」ことが鉄則です。これには調理科学上の明確な理由が存在します。
しじみの主たる旨味成分は、有機酸の一種であるコハク酸とアミノ酸であるグルタミン酸です。これらは急激な高温に晒されると、貝のタンパク質が瞬時に凝固して身が固く締まり、殻の内側に旨味エキスが閉じ込められてしまいます。水から徐々に温度を上げていく（40℃〜60℃前後の抽出温度帯をゆっくり通過させる）ことで、貝が口を開くプロセスとともに細胞内のエキスが煮汁へと均一に溶け出していきます。
さらに、多くの料理人が口を揃えるのが「しじみの味噌汁に出汁パックや顆粒出汁は不要」という事実です。貝類の中でもしじみは単位重量あたりのコハク酸含有量が突出しており、味噌に含まれるグルタミン酸や酵母の芳香と合わさるだけで、単体で完璧な味の骨格を形成します。余計なかつお節や昆布の出汁を重ねると、かえってしじみ特有の滋味深い風味を覆い隠してしまうため、水・しじみ・味噌・少量の酒のみで仕立てるのが最も贅沢な味わい方となります。
プロの厨房で実践されている基本のレシピと手順は以下の通りです。
【極上しじみ汁の基本分量（2人分）】
・殻付きしじみ（砂抜き済み）：150〜200g
・水：400ml
・日本酒（純米酒）：大さじ1
・味噌（赤だしまたは好みの合わせ味噌）：大さじ1.5〜2
・小ねぎまたは三つ葉：適量
【調理手順の勘所】
鍋にしじみ、水、日本酒を入れて中火にかけます。日本酒を加えることで、貝特有の泥臭さやアクを抑え、アミノ酸によるふくよかな後味を付与します。加熱中に浮いてくるアクは、雑味の原因となるため丁寧にすくい取ります。貝の殻が8割ほど開いた瞬間に弱火へ落とし、味噌を溶き入れます。味噌を入れた後は決して沸騰させず、煮えばな（鍋肌がふつふつと揺れる直前）で火を止めて椀に注ぎます。
