相模原市水族館として親しまれる当館の最大の強みは、公設民営ならではの極めてリーズナブルな料金設定にあります。民間の大型水族館の入館料が軒並み3,000円前後に達するなか、ワンコイン以下で本格的なアクアリウム体験ができる点は大きな家計アドバンテージです。
通常料金は大人(高校生以上)が450円、小人(小・中学生)が150円、未就学児は無料となっています。また、相模原市内に在住または在学する小中学生向けに配布される無料パスや、65歳以上の高齢者(身分証提示)への減免措置など、行政施設ならではの手厚い福祉施策が機能しています。
割引クーポンに関しては、JAF会員証の提示によって本人を含むグループに団体割引(1割引き)が適用されるルートが定番です。ただし、元々の入館料がワンコインを切っているため、近隣在住で季節ごとの特別企画展にも通いたい家庭であれば、迷わず年間パスポート(1,500円)を選択するのが最も経済的な解となります。