事態を決定づけたのは、大元帥たる昭和天皇の毅然とした一言だった。軍首脳陣が叛乱軍の処遇に苦慮し、迷走を続けるなか、天皇は自身の側近や重臣を殺害した決起部隊に対して激しい怒りを表明されたとされる。「朕が自ら近衛師団を率いてこれが鎮圧に向かわん」という強い決意の表明は、逡巡していた陸軍上層部を過度に硬直させ、クーデター勢力を「叛乱軍」と断定する流れを作った。
2月29日、投降を促すアドバルーンが空に舞い、ラジオ放送を通じて「今からでも遅くない」との帰順勧告が流された。軍の命令に絶対服従してきた下士官・兵士たちは動揺し、失意のうちに原隊へと復帰。青年将校たちの「昭和維新」の夢は、首謀者たちの逮捕と自決という形で呆気なく崩れ去ったのである。
