三番瀬の真の価値は、レジャーシーズン以外の季節にも凝縮されています。全国の野鳥愛好家にとって、三番瀬は東アジア・オーストラリア地域フライウェイに位置する極めて重要な中継地・越冬地です。
特に特筆すべきは、環境省レッドリスト絶滅危惧II類に指定されている「ミヤコドリ」の存在です。日本全国に飛来するミヤコドリの大部分（数百羽規模）が三番瀬周辺で越冬するため、クチバシの鮮やかなオレンジ色と黒白のコントラストを捉えようと、全国から多くのカメラマンが集まります。ハマシギ、ダイゼン、シロチドリなどのシギ・チドリ類に加え、冬季にはスズガモの大群が海面を覆い尽くす圧巻の光景が広がります。
さらに、写真愛好家の間で絶大な人気を誇るのが「ダイヤモンド富士」の撮影スポットとしての顔です。ふなばし三番瀬海浜公園の突堤や砂浜からは、東京湾越しに富士山を真正面に望むことができます。毎年10月下旬と2月中旬の年2回、太陽が富士山頂に沈む神秘的な瞬間を捉えることができ、天候条件が整った夕刻には数百人規模の撮影者が三脚を並べます。夕暮れ時のグラデーションと干潟の水面に映るリフレクションは、都市近郊とは思えない息をのむ美しさを誇ります。
