現在、世界文化遺産「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の構成資産となっている原城跡では、平成期から継続的な発掘調査が行われてきました。土中から掘り出された一次物証の数々は、後世の創作や軍記物を凌駕する凄惨さと、極限状態における人々の息遣いを雄弁に物語っています。
発掘現場から見つかったのは、武器だけではありません。鉄砲の弾丸を作るための鉛を溶かし、型に流し込んで手作りされた無数の粗末なメダルや小型の十字架（クルス）が、折り重なった人骨の胸元や首回りから次々と検出されました。物資が完全に枯渇し、武器に転用すべき貴重な鉛を削ってまで、自らの信仰と来世の救済を祈るシンボルを作り出していた事実は、籠城者たちの精神的支柱がいかに強固であったかを生々しく伝えています。
さらに注目すべきは、本丸周辺から出土した防衛設備の緻密さです。空堀の底には無数の竹槍を植えた痕跡や、幕府軍の弾丸を遮断するための土嚢・石積みの工夫が確認され、幕府軍の記録通り「一揆軍の射撃は恐ろしく正確で統制されていた」ことが裏付けられました。城内からは炊き出し用の巨大な甕や子ども用の茶碗、さらにはイエズス会から伝わったとされる西洋風の帳簿の断片まで発見されており、原城内部が単なる避難所ではなく、行政組織と軍事組織を兼ね備えた「独立したキリスト教共同体都市」として機能していた現場の実態が浮かび上がっています。
