一般の保護者にとって最も関係が深いのが、不登校に関する教育相談窓口や発達障害の相談窓口としての機能です。学校のスクールカウンセラー（SC）は配置日数が週1〜2日程度に限られるケースが多く、「緊急の相談ができない」「学校関係者には直接話しづらい」といった悩みを抱える家庭は少なくありません。
総合教育センターには、専任の臨床心理士や公認心理師、元教員の相談員が常駐しており、中立的な立場から客観的なアセスメントを受けることができます。さらに、多くの自治体では特別支援教育支援センターが併設、または密接に連携しており、以下のような高度な支援を行っています。
・心理検査（WISC-IV/VやKABC-IIなど）の実施と専門的フィードバック
・感覚過敏や学習困難に対する具体的な合理的配慮のアドバイス
・適応指導教室（教育支援センター・あすなろ教室など）やフリースクールとの接続支援
・特別支援学級・特別支援学校への転学や就学相談における専門的助言
学校現場の利害関係から離れた「第三の専門機関」として、家庭と学校の間を取り持つ調整役を担っている点が大きな強みです。
