ミヤヒラに宿泊する際、最も頭を悩ませるのが棟の選定です。館内は大きく分けて、歴史ある落ち着いた佇まいの「美崎館」と、近代的なハイグレード設計が施された新館「波の詩（なみのうた）」に分かれています。
新館「波の詩」は、琉球モダンをコンセプトに設えられたワンランク上の客室棟です。広々としたバルコニー、琉球畳をあしらったモダン和洋室、洗い場付きの独立バスルームなど、滞在の快適性が極めて高く設計されています。また、客室内に用意されたアメニティも厳選されており、上質な島時間を過ごしたいカップルや夫婦旅行、三世代ファミリーには圧倒的に新館をおすすめします。
一方の「美崎館」は、コンパクトながら使い勝手の良いスタンダードな洋室を中心とした構成です。設備に一部レトロな趣を残すものの、日中はアクティビティや離島ホッピングで外に出ずっぱりで「ホテルは寝る場所と割り切りつつ、大浴場や立地の恩恵はしっかり受けたい」というアクティブ派や一人旅の旅行者から、コストパフォーマンスの高さで根強く支持されています。
