ツボ押しが頭痛に対して素早い鎮痛作用をもたらす背景には、明確な神経生理学的メカニズムが存在します。単なる感覚的なリフレッシュではなく、神経伝達と血流ダイナミクスが関与しています。
刺激が痛みを遮断する最大の要因は「ゲートコントロール説」です。触覚や圧迫感を伝える太い神経線維（Aβ線維）が刺激されると、脊髄後角にある神経伝達の「門（ゲート）」が閉じ、痛みを伝える細い神経線維（C線維）からの電気信号が脳へ届くのをブロックします。合谷などのツボをグッと指圧した瞬間に頭部の痛覚信号が上書きされ、痛みが軽減するのはこの作用によるものです。
また、ツボへの適度な圧迫刺激は、中枢神経系を介して内因性オピオイド（β-エンドルフィンなど）と呼ばれる天然の鎮痛物質の分泌を促します。さらに、首こり肩こりからの頭痛理由の多くは、後頭下筋群や僧帽筋が持続的に収縮して大後頭神経を圧迫（神経絞扼）することにあります。「風池」などを刺激して筋膜の緊張を解くことで、滞っていた局所血流が一気に再開し、発痛物質（ブラジキニンやプロスタグランジン）が速やかに押し流されます。
