青色申告会に加入した場合の費用は、入会金が1,000円〜5,000円前後、月額会費が1,000円〜3,000円程度（年間1万2,000円〜3万6,000円）が一般的な相場です。支部によっては、加入初年度に専用会計ソフトの購入費が別途数千円〜1万円程度かかる場合があります。
支払った入会金や年会費は、事業に必要な経費として全額計上できます。会費の勘定科目には「諸会費」を使用するのが一般的で、会計ソフトの購入代金は「消耗品費」や「通信費」として処理します。事業所得の計算上、経費が増えることで所得税や住民税の圧縮につながるため、実質的な自己負担額は支払額よりも少なくなります。
確定申告期の繁忙期には予約制の個別相談窓口が開設され、職員による最終チェックを受けられます。65万円控除によって浮く税金（数十万円規模になるケースも多数）を考慮すれば、年間数万円の会費は「初年度の保険料」として割安な投資と捉えることができます。
