出雲大社を参拝する際、絶対に守るべき基本作法が「二礼四拍手一礼（にれい・よんはくしゅ・いちれい）」です。全国の多くの神社で用いられる「二礼二拍手一礼」とは異なり、四度手を打つこの形式は、より深い敬意と祈りの真心を捧げるための古式ゆかしい伝統です。5月の例祭（勅祭）では「八拍手」を行う格式があり、日常の参拝ではその半数である四拍手をもって大国主大神を称えます。
神在月において特に注意すべきは境内の巡拝順序です。通常時の参拝に加え、この時期だけの重要な拝所が存在します。
1. 拝殿から御本殿（八足門）への参拝：まずは正面から大神へご挨拶し、二礼四拍手一礼で作法を尽くします。
2. 東西の十九社（じゅうくしゃ）：本殿の東西に並ぶ細長い社殿は、全国から集まった神々の「神宿殿（宿泊所）」です。神在祭の期間のみ扉が開かれ、全国各地の氏神様が滞在されているため、東西両方の社殿前で静かに手を合わせます。
3. 素鵞社（そがのやしろ）：本殿真裏に位置し、大国主大神の親神にあたる素戔嗚尊（スサノオノミコト）を祀る屈指の霊所です。稲佐の浜で清めた砂を持ち寄り、社殿下にある既存の御神砂と交換して持ち帰る「御神砂の習わし」が古くから伝わっています。
4. 西側遥拝所：御本殿内の大国主大神の御神座は、実は正面（南）ではなく「西」を向いて鎮座されています。本殿西側に設けられた拝所からお参りすることで、大神の正面と正対して直接祈りを届けることができます。
