日本赤十字社の一翼を担う病院として、災害医療への備えに妥協はない。近畿圏を襲う南海トラフ巨大地震や、近年の気候変動に伴う琵琶湖周辺の水害リスクを想定し、病院棟の防災機能は常にアップデートされている。
敷地内には自家発電設備と大型貯水槽を完備し、インフラが寸断された状態でも最低7日間の高度医療継続が可能だ。屋上のヘリポートを活用した広域搬送訓練も定期的に行われており、有事の際に被災地全域へ医療チームを即座に派遣する機動力を保持している。地域住民にとって、まさに最後の砦としての信頼感を確固たるものにしている。