手作りのみたらし団子は保存料を一切使用しないため、原則として常温保存で当日中（約12時間以内）に食べ切るのが最も美味しく安全です。直射日光を避け、ラップをぴったりとかけて乾燥を防ぐのが基本となります。
もし余ってしまった場合は、絶対に冷蔵庫に入れてはいけません。前述の通り、デンプンが最も急速に老化してゴムのような食感になってしまうためです。
翌日以降も美味しさを保つための唯一の正解は「冷凍保存」です。タレを絡める前の団子を1本ずつラップで隙間なく包み、ジッパー付き冷凍保存袋に入れて急速冷凍庫へ入れます。この方法であれば約2〜3週間はモチモチの組織を維持できます。解凍する際は自然解凍するか、600Wの電子レンジで30秒〜40秒ほど軽く温め直してから、新たに作った温かいタレを絡めることで、作り立ての食感が鮮やかに蘇ります。
