串木野港からのフェリー利用にあたっては、旅客のみの乗船とマイカーやレンタカーを載せる車両航送とで手続きが異なります。
旅客運賃は片道あたり大人2,000円台〜3,000円台（等級や寄港地により変動）に設定されており、高速船に比べて割安な価格設定が魅力です。学生割引や島民割引、障がい者割引などの各種運賃区分も整備されています。
一方で注意が必要なのが車両航送の料金と手続きです。車長（3メートル未満〜6メートル以上など）に応じた航送運賃が設定されており、車両運賃には運転手1名分の2等運賃が含まれるのが一般的です。甑島 フェリー 予約において、徒歩乗船の旅客は原則として当日窓口での乗船券購入が可能ですが、車両航送に関しては積載スペースに上限があるため、事前予約が強く推奨されています。特にゴールデンウィークやお盆、年末年始などの繁忙期は満車になるのが早いため、旅程が決まり次第速やかに予約デスクへ申し込む必要があります。
