芦ノ湖遊覧船の航路は、大きく分けて「区間片道航路」と「周遊航路」の2パターンが存在します。一般的な所要時間は、港間片道でおよそ15分〜25分、湖を一周する周遊コースで約30分〜40分です。
時刻表は季節や平日・土休日によって変動しますが、基本的に30分〜40分間隔で運航されています。朝の第1便は9時台前半にスタートし、最終便は16時台前半（冬季）〜16時台後半（夏季）に設定されているため、夕方遅い時間に湖畔へ到着すると運航が終了している場合がある点には配慮が求められます。
個人旅行における予約の必要性について、公式規定では個人（15名未満）の事前座席指定予約は受け付けておらず、当日券または前売りデジタルチケットを持っていればそのまま先着順で乗船できるシステムになっています。定員数百名を誇る大型双胴船のため、紅葉シーズンやゴールデンウィークのピーク時を除き、「満席で船に乗れない」という事態はほとんど発生しません。
