スモーキークォーツとよく比較されるのが、最強の魔除け石と呼ばれるモリオン（黒水晶）です。どちらもアルミニウムと放射線の影響で発色した石英ですが、鑑別基準とエネルギーの方向性には明確な違いが存在します。
両者の最大の違いは「透明度（光の透過度）」です。強い光にかざした際、透き通った茶色やグレーのグラデーションが見えるものがスモーキークォーツ、光をほとんど通さず漆黒に見えるものがモリオンと鑑別されます。中間に位置する極めて色の濃い個体は「カンゴーム（黒煙水晶）」と呼ばれることもあります。
魔除けの性質においても、モリオンが「邪気を強力に跳ね返す盾」のような役割を果たすのに対し、スモーキークォーツは「邪気を吸い取って大地に流すアース線」のような働きを見せます。日常的な精神の安定や落ち着きを求めるならスモーキークォーツ、霊的な干渉や極度の悪影響を遮断したいならモリオンを選ぶのが一般的な使い分けです。
