ケーブル坂本駅の時刻表は、基本的に毎時00分と30分の30分間隔で運行されるパターンダイヤが採用されています。始発は季節により午前8時〜8時30分頃、最終は17時〜17時30分頃となっており、季節変動やライトアップイベント等による延長運行が行われる場合もあります。
多客期や混雑時には、運行間隔を詰めたピストン運行（臨時便の増発）が実施されます。1列車あたりの定員は140名程度のため、通常時はゆったり乗車できますが、秋の紅葉シーズンやゴールデンウィーク期間中は発車直前に改札が混み合うため、時間に余裕を持って駅に到着しておくのが賢明です。
