実際に計算ミスや過大徴収が発生している場合、どのようにして証拠を突き止めればよいのでしょうか。鍵を握るのは、毎年5〜6月に会社から手渡される（普通徴収の場合は自宅に郵送される）細長い圧着ハガキ、「給与所得等に係る市民税・県民税・森林環境税 特別徴収税額決定通知書」です。
通知書を手に入れたら、以下の3つのステップで照合作業を行います。
ステップ1：ふるさと納税の控除欄（税額控除額）をチェック
通知書の「税額控除額」欄を確認します。ふるさと納税で寄附した合計金額から自己負担金の2,000円を差し引いた金額（ワンストップ特例利用時）が、所得割額から控除されているかを確認してください。もし記載された税額控除額が極端に少なければ、ふるさと納税が反映されていません。
最大の原因は、ワンストップ特例の申請書を提出した後に、医療費控除などを求めて確定申告を行ったことです。確定申告書を提出すると、それ以前に出したワンストップ特例の申請は法律上「すべて無効」となります。確定申告書の第二表「寄附金控除」欄にふるさと納税の金額を転記し忘れた場合、控除は一切適用されず、全額自腹となってしまいます。
ステップ2：所得控除の合計額を「源泉徴収票」と突き合わせる
通知書の「所得控除合計」欄と、前年12月に会社から交付された「給与所得の源泉徴収票」の所得控除の額の合計額を照合します。配偶者控除、扶養控除、生命保険料控除、地震保険料控除、社会保険料控除などの各項目が、源泉徴収票と一致しているか確認してください。自治体のパンチ入力ミスや電算処理エラーにより、扶養親族のデータが抜け落ち、控除が数万〜数十万円分消失している事例が存在します。
ステップ3：課税標準額（課税所得）と税率の確認
「総所得金額①」から「所得控除合計②」を引いたものが「課税標準額（課税所得金額）」です。この課税標準額に税率10％（市区町村民税6％＋都道府県民税4％）を掛け、そこから「税額控除」を引いた金額が年間の所得割額となります。この四則計算にズレがある場合、システム上の算定誤りである可能性が極めて濃厚です。
