保護者が最も注視するポイントの一つが進学実績と学力水準です。小諸市内の中学校は小諸東中学校と小諸芦原中学校の2校体制ですが、東中は生徒数が比較的多く、多様な進路志向を持つ生徒が集まる傾向にあります。
近年の進路動向において、公立の普通科進学校を目指す層は、東信地区の最難関である上田高校（偏差値65前後）や、佐久地区の伝統校である野沢北高校（理数科・普通科）を視野に入れます。さらに、学力中堅から上位層にかけては岩村田高校や野沢南高校、実業系では小諸商業高校や佐久平総合技術高校への手堅い進学実績を築いています。
特筆すべきは、隣接する小諸高校音楽科への進路選択です。吹奏楽部などの活動を通じて培われた音楽的素養を生かし、専門学科へ挑戦する生徒が一定数存在するのも東中ならではの特色です。また、私立高校では佐久長聖高校や上田西高校などの併願・専願も定着しており、習熟度に応じた手厚い面談指導が功を奏しています。
