愛知県西三河総合庁舎は、地上階に複数の県出先機関が集約された合同庁舎です。来庁頻度が高い窓口は低層階に配置されているものの、事前にフロア案内図を把握しておかないとエレベーターの行き来で時間をロスすることになります。主要な各機関の配置状況は以下の通りです。
1階：県民サービス・税務・旅券の中核フロア
来庁者が最も集中するフロアです。広報・情報公開や法律相談などを取り扱う愛知県西三河県民相談室、各種旅券の手続きを行う愛知県西三河総合庁舎 パスポート窓口、さらに西三河県税事務所の総合窓口（自動車税の納税確認や納税証明書発行など）が配置されています。
2階〜4階：県税・産業・農林水産関連フロア
西三河県税事務所の課税部門（法人県民税・事業税・不動産取得税など）や、地域の農業振興・林業・水産業の指導・基盤整備を担う西三河農林水産事務所が入居しています。
5階〜8階：都市基盤・教育・環境関連フロア
道路・河川・港湾などのインフラ整備や建築確認申請を所管する西三河建設事務所、公立学校の人事や教育指導を統括する西三河教育事務所、環境保全課などが業務を行っています。
