丹生川上神社の歴史は、神代の神話と古代国家の黎明期に深く結びついています。社伝および『日本書紀』の記録によれば、第40代天武天皇の白鳳4年（675年）、「人の声の聞こえざる深山吉野の丹生川上に我が宮柱を立てて祀らば、天下のために甘雨を降らし霖雨（長雨）を止めむ」との神託が下されたことが創祀の起源とされています。この記録こそが、丹生川上神社下社のご利益と由緒の揺るぎない根拠となっています。
祀られている主祭神は闇龗神（くらおかみのかみ）です。「龗（おかみ）」とは龍神を指す古語であり、「闇（くら）」は谷間や暗渠、すなわち水が湧き出ずる神秘的な山谷の源流を象徴しています。水のすべてを掌る神として、降雨や止雨はもちろんのこと、水利、農業、醸造、さらには心身の澱みを洗い流して良縁を引き寄せる「縁結び」や「諸願成就」に至るまで、生命の根源を支える強大な神徳が信じられてきました。
平安時代には最高位の社格である「延喜式名神大社」に列せられ、国家の重大事に奉幣を受ける「二十二社」の一社に数えられました。朝廷からの篤い崇敬は凄まじく、干魃が続けば雨を乞うために「黒馬」を、長雨が続いて水害が危惧されれば晴天を願って「白馬」を奉納する国家神事が幾度となく執り行われました。この厳格な奉幣の儀礼が、現代の私たちが寺社で祈願の際に奉納する「絵馬」の起源となったと伝えられています。
