初心者が最も頭を抱えるトラブルが、「雌花がついているのに黄色くなってポロリと落ちる（実がつかない）」という現象と、「収穫間近に実が裂けて果肉が露出する（裂果）」という2大トラブルです。これらは決して運や偶然ではなく、明確な植物生理的理由によって引き起こされます。
まず、スイカ実がつかない理由の第1位は「つるボケ」です。定植初期に元肥として窒素肥料を与えすぎると、株は子孫を残す（実をつける）モードではなく、茎や葉ばかりを異常に茂らせる栄養成長モードに偏ってしまいます。葉が手のひらよりも巨大化し、つるの先端が上を向いて暴れている状態では、いくら花が咲いても株自身が実をふるい落としてしまいます。
第2の理由は「受粉環境のミスマッチ」です。スイカの花粉は湿気に極めて弱く、開花当日の朝に雨が降ると花粉が破裂して受粉能力を失います。さらに、訪花昆虫が少ない都市部の住宅地やベランダでは、自然受粉に頼っていると結実しません。加えて、株元に近すぎる低節位（1番花・2番花）に着果させようとすると、株の体力が未熟なため生理落果を引き起こします。
一方、収穫間際の「裂果」は、浸透圧の急激な変化が原因です。スイカの果皮は登熟が進むにつれて弾力性を失い硬化していきます。そのタイミングで猛暑による強い乾燥が続いた後、ゲリラ豪雨などの急激な吸水が起きると、内部の果肉組織が一気に膨張し、外皮が耐えきれずに破裂します。これを防ぐには、土壌水分を急変させない敷きワラやマルチングの施工、および鉢栽培における水管理の徹底が不可欠となります。
