日常会話では同じ意味として扱われがちな「潜伏キリシタン」と「隠れキリシタン」だが、歴史学における定義は時代のフェーズによってくっきりと分かれる。最大のポイントは、キリスト教が法令で全面的に禁止されていた「禁教期」か、それとも明治時代に禁止が解除された「解禁後」か、という時代の違いだ。
「潜伏キリシタン」とは、徳川幕府のもとでキリスト教が厳しく禁じられていた江戸時代（1614年〜1873年）に、表向きは仏教徒や神道の氏子として振る舞いながら、裏で密かにカトリックの信仰を守り続けた人々を指す。司祭（神父）不在という絶望的な状況下で、彼らはコミュニティ内で独自の組織を作り、密かに祈りを捧げていた。
一方、「隠れキリシタン」とは、1873年（明治6年）に禁教令の制札が撤去され、信教の自由へと向かう時代を迎えた後に、あえて正規のカトリック教会へ復帰せず、江戸時代に独自変化を遂げた信仰儀礼をそのまま継承することを選んだ人々とその集落を意味する。つまり、「隠れ」とは、弾圧が終わった後に「自らの意思で従来のスタイルを守る道を選んだ」人々に対する呼称なのだ。
