『千年戦争アイギスR』と一般向けの通常版（アプリ版・一般ブラウザ版）において、最も気になるのは「ゲーム内容にどのような差があるのか」という点でしょう。結論から述べると、バトルの難易度、キャラクターの性能、育成素材、メインストーリーの骨組みは完全に一致しています。通常版だからといって戦力的に不利になることは一切ありません。
両者の唯一かつ最大の相違点は、キャラクターとの親愛度を深めた際に閲覧できる個別シナリオおよびグラフィックの表現区分です。R版では、好感度や信頼度を最大まで高めることで、FANZA GAMES基準の大人向けイベント（交流イベント）がアンロックされます。一方で通常版では、全年齢向けにマイルドに調整された専用エピソードが展開される仕様です。
また、UIや細かな演出面でもR版ならではの専用グラフィックが用意されているものの、ゲームバランスを左右する要素は排除されています。純粋に物語やビジュアルの好み、プレイする環境（自宅のPCか外出先のスマホか）に応じて選択できる点が、本作が長く愛される理由の一つです。
