出流山満願寺の真骨頂ともいえる場所が、本堂裏手の山道を登った先にある「奥の院」です。本堂から奥の院拝殿までは片道約1.2キロメートル、出流山満願寺の所要時間としては往復で約50分から1時間20分ほどを見込む必要があります。
奥の院エリアへ足を踏み入れるには、入山口で入山志納料（拝観料：大人300円〜500円程度）を納めます。参道は清らかな出流川のせせらぎ沿いに整備されており、樹齢数百年の杉木立と苔むした岩肌が織りなす空間は、まさに天然のパワースポットです。
山道の終点に突如現れるのが、京都の清水寺を彷彿とさせる見事な懸造り（舞台造り）の拝殿です。岩壁に張り付くように建てられた舞台に上がると、その奥に薄暗い鍾乳洞が口を開けています。洞窟内のライトアップされた奥壁を見上げると、数万年におよぶ地下水の石灰沈着によって自然に形成された「鍾乳洞十一面観音（自然石十一面観音菩薩）」の後ろ姿を拝することができます。人知を超えた自然の造形美と信仰が融合したその姿は、息をのむほどの神聖さに満ちています。
