これほどの人気店ゆえに、避けて通れないのが別府 いづつ 混雑状況です。特にランチタイムは平日・休日を問わずオープン前から人だかりができます。ピーク時には1時間から2時間近い別府 いづつ 待ち時間が発生することも珍しくありません。
入店システムは、店先に設置される「記名台（ウェイティングボード）」に名前と人数を記入する方式です。午前11時のオープンに対して、早い日には10時過ぎから記名が始まります。一巡目で確実に入店したい場合は、開店の30分〜45分前には現地に到着して記名しておくことを強くおすすめします。なお、予定された仕込み分が完売すると、営業時間内であっても受付が終了するため、遅めの時間帯を狙う際は注意が必要です。
