毘沙門堂門跡が誇る最大の景観美といえば、晩秋の「毘沙門堂門跡 敷き紅葉」です。特に勅使門（ちょくしもん）へとまっすぐ伸びる参道の石段は、両脇のカエデから舞い落ちた無数の紅葉によって真紅の絨毯を敷き詰めたような圧巻の光景を創り出します。
この敷き紅葉を最も美しい状態で観賞するための紅葉の見頃時期は、例年11月中旬から12月上旬にかけてです。とりわけ「頭上の見頃」が過ぎ、落葉が進む11月下旬以降こそが、足元一面を赤く染める絶景のピークとなります。雨上がりの翌朝や、落ち葉が参拝者の足で乱される前の早朝時間帯（午前8時半〜9時頃）は、息をのむほどの静寂と色彩の対比を味わうことができます。
一方、春の訪れとともに境内を華やかに染めるのが、宸殿前に堂々と枝を広げる「毘沙門しだれ（びしゃもんしだれ）」です。樹齢百数十年に及ぶこの巨木は、ソメイヨシノよりも一足早く3月下旬から4月上旬に見頃を迎えます。天から降り注ぐ滝のように咲き誇る濃いピンク色の花弁は、格式ある門跡寺院の宸殿建築と見事な調和を見せ、春の山科を代表する名木として親しまれています。
なお、秋の紅葉シーズンに不定期で開催されるライトアップ特別拝観は、昼間の厳かな佇まいとは打って変わり、闇夜に鮮やかな紅葉と歴史的建築が浮かび上がる幻想的な世界を現出させます。訪れた参拝者からは「京都市中心部の混雑した名所と比べ、幽玄な趣をじっくり堪能できる」と極めて高い評価を得ています。
