運転見合わせに伴い、関係各社による振替輸送が即座に開始されました。目的地へ急ぐ場合、直ちに他社線や別系統の路線へ迂回することが推奨されます。振替輸送を利用する際は、乗車券や定期券を改札で提示することで、指定の代替ルートをそのまま追加料金なしで利用できます。
ただし、同じ線路を一部共有する湘南新宿ラインも直ちに運転見合わせやダイヤ乱れの影響を受けています。そのため、平行する地下鉄路線（東京メトロ副都心線や丸ノ内線、都営新宿線など）や、私鉄各線（東武東上線、西武池袋線、京王線など）を組み合わせた迂回ルートの活用が最も確実な回避策となります。
