クリア後のやり込み要素として、本作がRPG界の先駆けとなった「強くてニューゲーム」があります。クロノトリガー強くてニューゲーム詳細まとめとして、引き継がれる要素とリセットされる要素を整理しておきましょう。
引き継がれるデータは、各キャラクターのレベル、ステータス、習得技、所持ゴールド、そして装備品を含むほぼすべての所持アイテムです。一方、ストーリーの進行に関わるキーアイテム（グランドリオン、ゲートホルダー、シルバードなど）は初期化されます。これにより、最初から最強装備を身にまとった状態でリーネ広場の右ポッドへ直行し、瞬時にエンディングを回収していくプレイが可能となります。
また、クロノトリガーSFC裏技と隠し要素の筆頭として挙げられるのが、時の最果てに君臨する戦いの神「スペッキオ」の形態変化です。スペッキオの姿は先頭キャラクターのレベルによって6段階に変化します。
・Lv1〜9：カエル形態（モコモコ）
・Lv10〜19：キリギリス形態（タツノコ）
・Lv20〜29：オムニシェイカー形態（ゴブリン）
・Lv30〜39：ガルダ形態（魔王風）
・Lv40〜98：マモ形態（紫のマモ）
・Lv99：赤マモ形態（最強形態）
最高レベル99到達時にのみ戦える「赤マモ形態」は、ラヴォスを凌駕する超高火力と鉄壁の防御力を誇る本作の真の隠しボスです。全体魔法「ハ・シ・レ！」などの猛攻を耐え抜いて撃破すると、マジックカプセルやスピードカプセルを含む豪華な報酬を10個ずつ獲得できます。
