「頑固な詰まりだから、寝る前に注いで一晩じっくり浸け置きしよう」――そう判断してしまう利用者は非常に多く見られます。しかし、製造元であるSCジョンソン社も公式に警告している通り、30分以上の長時間放置は逆効果です。
パイプユニッシュの主成分である「次亜塩素酸ナトリウム」と「水酸化ナトリウム」は、配管内の髪の毛（ケラチンタンパク質）や皮脂、石鹸カスによるぬめりを強力に酸化・加水分解します。薬剤を注いだ直後から有機物はドロドロに溶け崩れますが、完全に液体化して消滅するわけではありません。
薬剤の反応が進みきった後、長時間放置すると水分が蒸発し、溶け出した汚れの残骸が重力で下流のトラップや配管の湾曲部（S字・P字トラップ）に溜まります。そこでヘドロ状の粘液が再び冷え固まり、まるで接着剤のように配管内で硬化してしまうのです。これが「一晩置いたら完全に水が流れなくなった」というトラブルの典型的なメカニズムです。パッケージに記載された「15〜30分」という放置時間は、汚れが分解され、かつ再凝固する前のベストなタイミングとして緻密に計算されています。
