HISのセット予約を検討するうえで、最も警戒すべきがキャンセル料発生のタイミングです。多くの旅行者が「出発の30日前までなら無料でキャンセルできる」という従来のパッケージツアー（募集型企画旅行）の感覚で申し込んでしまい、後から高額な請求に直面するトラブルが後を絶ちません。
現在のダイナミックパッケージの多くは「手配旅行」または「募集型企画旅行（航空券取消料連動型）」という契約形態をとっています。これは、ユーザーが予約ボタンを押した瞬間に航空券の発券手続きが行われる仕組みです。そのため、予約完了の直後から航空券部分に対して取消手数料（ペナルティ）が発生し、例え出発の半年前であっても数万円のキャンセル料が差し引かれることになります。
さらに、変更手数料と返金規定についても厳格に定められています。日程や搭乗者の氏名（スペル1文字の間違いも含む）を変更したい場合でも、一度予約全体を解約して再予約する必要があり、その都度規定のキャンセル料が請求されます。小さな子ども連れの旅行や、仕事の都合で予定が変動する可能性がある場合は、多少割高であっても日程変更可能なプランを選ぶか、HISが提供するキャンセル保険への加入を強く推奨します。
