ブセナ海中公園を訪れる旅行者が最も直面しやすい落とし穴は、「天気の良さとボートの運行可否は連動しない」という点です。観光客の多くは「快晴だからボートも快適に動くだろう」と思い込みがちですが、実際には晴天であってもボートが全面欠航となる事態が頻発します。
運航の決定を左右する決定的な要因は天候ではなく「風速・波の高さ・うねり」です。名護湾は外洋からの風の影響を受けやすく、波高が規定値を超えた場合や桟橋への接岸が危険と判断された場合、グラス底ボートは直ちに運行休止となります。また、海中展望塔も連絡橋に白波が打ち寄せるほどのシケになれば営業を中止します。当日の朝は天候だけでなく、公式サイトに毎朝リアルタイムで掲出される「本日のブセナ海中公園（運行状況）」を必ず確認することが不可欠です。
さらに、園内の移動動線における盲点も見逃せません。国道58号線沿いから入るブセナリゾートのメインゲートを通過する際、守衛所で「海中公園を利用する」旨を伝えると、駐車場料金は完全無料で案内されます。ただし、駐車場から海中展望塔までは約1km離れており、炎天下や雨天時に徒歩で移動すると15〜20分を要します。
ここで重宝するのが、園内を巡回するレトロな赤色の無料トロリーバスです。20分間隔で運行しており、リゾートの優雅な風景を眺めながら約5分で展望塔前へアクセスできます。しかし、定員制であるため混雑ピーク時には乗り切れないケースも発生します。足元が悪い日や小さな子どもを連れている場合は、トロリーバスのダイヤに合わせた行動管理が旅の快適性を左右します。
