湯野上温泉駅を発着する会津鉄道のダイヤは、基本的に会津若松方面（上り）と会津田島・浅草方面（下り）の双方向ともに、日中は1時間に1本前後の運行ペースで構成されています。普通列車だけでなく、東武鉄道直通の特急リバティ会津が停車するため、首都圏からの直通アクセス路線としても極めて高い利便性を誇ります。
浅草駅から東武スカイツリーライン・野岩鉄道・会津鉄道を直通運転する「リバティ会津」を利用した場合、湯野上温泉駅までの所要時間は約3時間10分〜3時間20分。乗り換えの手間なく快適なリクライニングシートで現地入りできるため、週末を中心に指定席の需要が非常に高くなっています。乗車券と特急券の手配は、連休や行楽シーズンには早期の事前予約が鉄則です。
また、山間部を走行するローカル線という特性上、冬季の豪雪や強風、大雨の際には速度規制や運休が発生する場合があります。出発前には会津鉄道の公式運行情報やリアルタイムの遅延情報を確認し、通常運賃やお得な企画乗車券（フリーきっぷ）の適用区間をあらかじめ確かめておくことがスムーズな旅の第一歩です。
