高校時代を通じて最も世間の関心を集めたのが、悠仁さまの大学進学先に関する動向でした。特に一部週刊誌やネットメディアでは「東京大学への学校推薦型選抜での進学」が盛んに取り沙汰され、大きな議論を巻き起こしました。
悠仁さまの進路や推薦制度の利用を巡っては、かねてより東京大学農学部をはじめ、昆虫学や生物多様性を学べる筑波大学への進学、あるいは東京農業大学や北海道大学など、自然科学系の名門校が候補として挙げられてきました。宮内庁側は一貫して「本人の興味・関心に基づいた主体的な選択」を尊重する姿勢を示してきました。
関係者への取材によれば、悠仁さまご自身は特定のブランド力ではなく、「自らがライフワークとして取り組む生態系研究を最も深められる環境」を最優先に検討されてきたとされます。一般入試や推薦入試といった選抜方式を巡る過熱報道の裏には、ご本人の純粋な学問への探求心と、皇族の進路選択という極めてデリケートな問題が交錯していました。