水戸葵陵高校の教育体制を理解する上で外せないのが、生徒の進路希望と学力に最適化された明確なコース編成です。茨城県内の私立高校の中でも、早期から習熟度別のカリキュラムを展開しており、志望校のレベルに応じた手厚い学習指導が用意されています。
現在の主要なコース構成は、難関国公立・私立大学の医療系学部を目指す医歯薬コース、国公立大や難関私大(早慶上理・GMARCH)一般選抜を目指す特進コース、そして部活動と学業を両立させながら多様な進路を目指す進学コース(総合進学等)に大別されます。コースごとに授業進度や補習の密度が大きく異なるため、出願時のコース選択が進路の行方を大きく左右します。