初見の人々に強烈な違和感と好奇心を抱かせるタイトル「君の膵臓をたべたい」。物語の冒頭において、この言葉は「昔の人はどこか悪いところがあると、他の動物のその部分を食べて治したらしい」という、ヒロイン・山内桜良（やまうち さくら）が語る素朴な民間療法の知識として提示されます。
しかし、物語が進むにつれてこの言葉の持つ意味は劇的な変容を遂げます。クラスで最も目立たず他者との関わりを拒絶する「僕」（志賀春樹）と、天真爛漫で誰からも愛されるクラスの人気者・桜良。正反対の孤独を抱える2人は、病気という秘密を共有する中で、お互いに自分にはない強さや魅力を強烈に見出し、深く惹かれ合っていきます。
作中終盤、2人の関係は「好き」や「嫌い」、「恋人」や「友人」といった既存の陳腐な言葉では定義できない領域へと達します。桜良が遺した言葉や、「僕」が最後に彼女へ送信したメールに記された「君の膵臓をたべたい」というフレーズは、以下のような多層的な意味を持っています。
第一に、「あなたの爪の垢を煎じて飲みたい」という言葉を極限まで純化させた、「あなたのような魅力的な人間になりたい」という崇高な憧れです。第二に、古代の信仰にも通じる「他者を食べることで、その人の魂が自分の中で生き続ける」という、永遠の魂の同一化を意味しています。相手を尊重し、相手の存在そのものを自分の一部として受け継いで生きていくという、まさに究極の愛の告白として結実しているのです。
