大手教育情報ポータルサイト「みんなの高校情報」をはじめとする各種進学データによると、2026年度入試における済々黌高校の偏差値は73と算出されています。この数値は熊本県内の公立高校において熊本高校（偏差値74）に次ぐ第2位であり、全国約9,800校の中でも上位30番台（上位0.3%以内）に位置する極めて高い難関度を示しています。
熊本県公立高校入試の一般選抜は、5教科各50点の合計250点満点で実施されます。県内大手進学塾の追跡調査や合否分布データから算出される済々黌高校合格ラインは、近年の入試難易度の平均値に照らすと195点〜205点（得点率約78〜82%）が実質的な済々黌高校ボーダーラインとして推移しています。難易度が高かった年度でも190点を割り込むと不合格リスクが急増し、安全圏を目指すには210点以上を安定して獲得する盤石な学力が求められます。
選抜において学力検査と並んで重視されるのが調査書（内申点）です。熊本県の公立高校入試では中1から中3までの全学年の評定が対象となり、3学年合計で135点満点（各学年45点満点）となります。現場の進路指導担当者のデータによると、済々黌高校内申点目安は合計115点〜125点が標準的なゾーンです。学年別に見れば「主要5教科はオール5、実技4教科に4が混ざる」程度の評定（年換算40〜42程度）が事実上の前提条件となっており、内申点が110点未満の場合は当日の学力検査で平均以上のハイスコアを叩き出す逆転力が必要となります。
近年の済々黌高校入試難易度推移を左右しているのが、志願倍率の動向です。県内の少子化が進展する中にあっても、済々黌の普通科は伝統的なブランド力に支えられ、過去数年間の済々黌高校倍率推移は1.2倍〜1.4倍前後の激戦を維持しています。熊本高校が学力最上位層の出願に特化して倍率が1.1〜1.3倍程度で落ち着きやすい傾向にあるのに対し、済々黌は「熊本高校からの安全志向層」と「第二高校からのチャレンジ層」が合流するため、実質的な競争率が県内屈指の高さになる点が特徴です。
